С 2003 года и по настоящее время Музей геологии Средней Сибири является отделом учёта и хранения коллекционного геологического фонда в составе Красноярского филиала Федерального бюджетного учреждения «Территориальный фонд геологической информации по Сибирскому федеральному округу» (ФБУ ТФГИ по СФО).

Музей геологии Средней Сибири является коллекционным собранием минералов, горных пород, руд, шлифов, а также сопутствующей им архивной (фотографии, книги, архивы геологов и т.д.) и геолого-картографической документации (каталоги, полевые материалы, результаты различных анализов, карты и схемы геологического содержания и т.д.). Это результат героического, самоотверженного труда многих поколений геологов и исследователей недр Средней (Центральной) Сибири с более чем полувековой историей.

В результате систематических геологических исследований недр накоплено большое количество первичной геологической информации. Коллекционный геологический фонд разделён на основной фонд, научно-вспомогательный фонд и фонд сырьевых материалов. В основном фонде на первое полугодие 2020 года насчитывается 35904 единицы хранения, в научно-вспомогательном фонде – 2077 единиц хранения, и в фонде сырьевых материалов – 982 единицы хранения. Всего в коллекционном фонде насчитывается более 39000 единиц хранения. Под экспозиции занято около 600 м² площади здания.